Imaris 是由牛津仪器 ANDOR 研发生产的一款功能丰富强大的交互式多维图像可视化分析软件。
Imaris 常用于 2D/3D/4D/ 多通道等多维图像展示、渲染及交互式分析，可对宽场荧光显微镜、激光共聚焦显微镜、转盘 共聚焦显微镜、多光子荧光显微镜、超分辨荧光显微镜、电镜、CT、MRI 等大部分显微镜厂商 的成像数据进行可视化与分析。软件拥有点计数、表面结构渲染、神经分析、细胞分析、多对 象动态追踪、多维荧光共定位分析等模块，在生命科学研究领域广泛应用。Imaris 能够满足多 维图像展示与重构，多维空间测量，活细胞轨迹追踪，神经类分支状结构分析，共定位分析等 多种研究需要，是成像平台、中心实验室等不可或缺的多维图像分析工具。
图像分析与处理的工作流程
What is IMARIS – An Overview
多维图像渲染 Imaris core
可对多维数据进行 Normalize /Smooth /Background Subtraction 等前处理。
提供 MIP, Blend, Normal Shading, Shadow Projection 四种多维渲染模式。
可添加 Slicer/Clipping plane 等多种展示模式。
可输出图片或视频格式。
支持 TB (Terabyte)级别的数据渲染与展示。
多维图像测量 Measurement Pro
l 可测量多维图像中的空间距离，角度，荧光强度分布等。
l 支持 TB (Terabyte)级别的数据分析。
l 交互式渲染大量的 Surface 对象和数以百万的 Spot 对象。
l 从复杂大数据中创建 Surface 和 Spot 对象。
l 使用机器学习分类或交互式筛选工具对 Spot 和 Surface 对象进行分类、标记。
l 根据识别到的类別来展示和比较参数。
l 在每个通道的基础上测量强度。
l 根据任意计算参数对检测对象进行颜色编码，直观地选择对象提取关键参数。
l 计算对象之间的距离与重叠区域。
l 与随机分布相比的对象间的吸引和排斥测量。
l 利用二维 Contour 轮廓线功能进行半自动构建和测量三维物体。
运动轨迹追踪 TrackLineage
l 针对 2D/3D 时间序列图像，可以利用轨迹追踪算法，识别物体的运动轨迹，并可得到如 速度、加速度、位移、运动方向等运动相关的数据。
l 提供 Brownian Motion/ Autoregressive Motion /Connected Components/Lineage 等 6 种算法，用于各类数据的自动轨迹追踪和分析。
l 交互式编辑、创建和修改轨迹和追踪对象。
l 自动检测细胞分裂事件，以确定细胞周期的持续时问和生成，同时显示交互式谱系树。
l 利用 Reference Frame 自动校正平移和旋转漂移。
共定位分析 ImarisColoc
l 支持 2D、3D、4D 多维数据的共定位分析，可输出共定位结果并得到 Pearson’s coefficient, Mander’s coefficient 等共定位参数。
l 多种共定位阈值选择方法，包括基于已有算法的自动模式。
l 实时获取统计数据。
l 以新的 3D/4D 通道显示数据。
l 扩展或缩小直方图中的计算范围。
l 支持对选区（Region of Interest, ROI）进行共定位分析。
l 用较少的步骤分析整个时间序列的共定位。
AI 驱动的丝状/网状结构分析 FilamentTracer
l AI 驱动的可交互式的多维丝状/网状数据追踪方法，适用于下列数据类型：
n 神经生物学：神经元、神经网络、树突、树突棘、小胶质细胞等
n 血管、血管网络
n 光学超分辨数据：如线粒体或内质网的超分辨结构
n 单分子定位成像（SMLM）数据
n 其他丝状数据：如拟南芥的染色质丝、细菌的纤毛等。
l AI 驱动的区块化算法，可实现更快的渲染速度与网络追踪。
l 可自动或半自动追踪检测并分析丝状结构，得到长度，直径，分支节点，密度等统计数据。
l 针对神经生物研究，可提供超过 200 种统计数据，用于不同应用的结果分析。
l 拥有 TorchTM 模式，辅助超大数据的渲染和计算，便于进行密集、复杂数据的半自动追踪。
l 全自动树突棘检测及形态学特征分析。
l 针对全结构、每一分枝、片段及特征点的交互式编辑。
l 神经元胞体、树突棘及其它非丝状结构的展示选项（如大小，颜色）。
l 检测并追踪形状、位置随时间的变化（与 ImarisTrackLineage 联合使用）。
GPU 加速的反卷积 ClearView
包 含 适 用 于 Spinning Disk Confocal, Widefield Fluorescence, Brightfield, Laser Scanning Confocal 以及 TIRF 成像模式的反卷积算法。
针对 NVIDIA 和 AMD 显卡的 GPU 加速进行了优化。
同时支持 Mac 和 Windows 系统。
二次开发接口 XT
l 允许使用多种编程语言如 Matlab®, Java® , Python®等，对 Imaris 进行二次开发。
l 已整合超过 70 种插件（包括三方开发插件），提供更加智能和全面的数据处理和分析。
l 可通过访问 Imaris 开放网络平台（https://imaris.oxinst.com/open/）获取更多支持。
l 由 Labkit 提供支持的机器学习像素分类。
细胞及相关性分析 Cell
提供 4 种不同算法，用于自动识别多维图像中的单个细胞及其亚结构。
自动输出单个细胞数据，并包含细胞及亚结构的关联数据。
检测细胞和细胞内细胞成分之间的关系。
使用具有生物学意义的图像分析单元（细胞、细胞核和囊泡）
基于细胞质或细胞膜染色检测细胞（当只有膜标记时可用此细胞检测算法）。
检测和分类多种囊泡状物体。
在 2D、3D、4D 数据集中检测细胞的行为。
多维图像拼接 Stitcher
支持 2D、3D、4D 多通道图像的拼接。
支持 TB 级别图像拼接。
支持自动或手动拼接。
数据批处理 Batch
l Imaris Batch 能够批量处理和分析多个 2D/3D+时间序列图像。
l 可自动批量前处理和分析图像。
l 所有批处理的进程都可在后台运行。
l 支持多线程批处理运行，最多支持 4 个独立进程同时进行。
l 通过批量处理/分析节省时间，自动将分析流程应用到大量图像上。
l 精确地重复分析程序。
l 交互式地定义图像分析流程，井将其应用于大批量图像数据。
l 将机器学习分类等过程无缝地整合到 IMARIS 工作流程中。
l 集图像处理和目标检测于一体。
l 批处理支持 Spots, Surfaces, Cells 及 Filaments。
Imaris 免费资源 文件格式转换 Imaris File Converter
l 支持将多种数据格式（包括主流成像设备制造厂商如 Nikon、Leica、Zeiss 和 Olympus） 转换为 Imaris 文件格式。
l 支持多线程、批处理。
l 支持 Bio-formats。
图像查看器 Imaris Viewer
l 支持对多维图像进行渲染
l 支持打开和展示付费版 Imaris 处理后的文件。
l 提供 MIP, Blend, Normal Shading, Shadow Projection 四种多维渲染模式。
l 可添加 Slicer/Clipping plane 等多种展示模式。
l 可输出图片格式。
l 支持 TB (Terabyte)级别的数据渲染与展示。
Imaris 技术培训及售后服务：
1. 购买后，由我司技术支持及销售团队现场拜访或线上交流，完成现场或线上安装及技术培 训；
2. 维保期内，我司技术工程师将提供服务线上24小时内或现场48小时内高效响应，保障软 件稳定有效运转；
3. 首次购买软件的用户，维保期内，我司将免费提供1次最新版本的软件升级服务，由技术 工程师线上支持；
4. 首次购买软件的用户，维保期内，我司将免费提供与购买软件型号相同的卫星证书服务；
5. 维保期内，我司将优先提供参与年度 Imaris 高端用户研讨会的交流机会；
6. 超过维保期或者需要更多升级、培训机会，欢迎联系我司销售根据实际需求增购响应的服 务。